Fala Bernardo!
A melhor estratégia seria realmente a importação via microflow. No template de importação você deverá informar a "Row object" que é a entidae não persistente que criou e uma entidade também não persistente "Root" associada a entidade "Row object", por exemplo, ficaria desta forma aqui:
Então no template de importação, você informa essa entidade "Root" como input object.
Acredito que esteja seguindo o exemplo do microflow IVK_ImportTemplateDocument certo? Caso não, você pode duplica-lo para realizar a importação com o template que criou, onde na Java Action "StartImportByTemplate" você informa uma nova instância da entidade "Root" e após a execução da JavaAction, você consegue fazer um retrieve de todos os objetos importados e realizar os cálculos que precisa.
Qualquer coisa, grita aí!